Se ignora en que momento nace la población de Ayamonte, existiendo diversas versiones populares sobre su antigüedad y la etimológica de su nombre. Existen tres posibles orígenes al nombre de la ciudad:

- Que los íberos se asentaron en la parte alta de la ciudad y desde ese montículo denominado "Aya" (supuestamente, 'monte' en Ibero), dominaron la desembocadura del río, hasta la llegada de los Tartesios, que mantuvieron su denominación no sabiendo muy bien su significado, hasta que los romanos una vez asentados decidieron llamarlo el monte de Aya, o Aya Montis.

- El origen greco-púnico de la ciudad por su situación en la costa y posible asentamiento de estas culturas, por otra parte muy común en estas costas andaluzas, que dieron lugar al vocablo Anapote o Anapotanema, que viene a significar "Fortaleza sobre el río"

- El posible asentamiento de un caudillo árabe llamado Ayud o Ayad, que igualmente pudiera ser una especie de curandero o santón, de donde derivaría el nombre de la ciudad.

Lo realmente cierto es la denominación romana que se hace a esta parte de Hispania y debido a la desembocadura del Guadiana (donde se ubica la ciudad de Ayamonte): "Ostium Fluminis Anae" (Puertas del río Ana).

El hallazgo de restos arqueológicos en las cercanías de Ayamonte, hacen pensar en un poblamiento bastante atrás en el tiempo, aún sin una determinación precisa, hallándose elementos como puntas de flechas y utensilios, hoy en día expuestos en el museo arqueológico provincial de Huelva. Asimismo es casi seguro y defendido por diversos historiadores, la pertenencia del asentamiento ayamontino al Imperio Tartessico hasta la llegada de Griegos y Romanos.

De época fenicia son los restos funerarios encontrados en una gran necrópolis que se remonta al sigo VIII A.C., y de la misma época e incluso anterior son los restos hallados en el barrio de la Villa, restos en los que se mezcla la cultura fenicia con la indígena.

Como recoge el itinerario del Emperador Antonio Augusto Caracalla, los romanos denominaron -muchos años más tarde- a estos caños de agua "Bocas del Río Guadiana", en latín "Ostium Fluminis Anae". Ptolomeo identificaba geográficamente la ciudad como Canaca, que en nuestra opinión puede asemejarse a Canela, lo que nos daría una aproximación del origen del nombre de la isla. Su profunda huella fue dejada en mausoleos, calzadas y sobre todo, la llamada 'PUENTE', datada en el siglo I de nuestra era.

Etimológicamente, Ayamonte, también podría significar "sobre el puente" por lo que el nombre de Ayamonte haría referencia a estos esteros situados al pie del monte.

Existe constancia del nombre de nuestra ciudad en las crónicas de historia y geografía de Ahmed Mohamed Arrasi, que dejó constancia de las mejoras en su castillo en su obra "Crónica histórica y geográfica" en el siglo X.

Tras la reconquista Ayamonte fue pasando de manos portuguesas a españolas, hasta quedar definitivamente en manos e España.

Se tiene constancia de su reconquista por parte del rey Sancho II de Portugal, sobre el año de 1239, cediendo su protección y privilegios a la Orden de Santiago y a su maestre Pelayo Pérez Correa. La villa pasa de una corona a la otra debido a su situación geográfica fronteriza y las políticas de la época, como claro ejemplo de ello tenemos la cesión a Portugal por parte del rey Alfonso X de Castilla "el Sabio" como parte de la dote a su hija Beatriz al acceder esta al trono de Portugal.

En 1335, pasa definitivamente a manos castellanas, bajo el reinado de Alfonso XI de Castilla. Siendo estas fechas claves en la repoblación de la zona, contribuyendo para ello la creación del marquesado de Ayamonte, que hasta esa fecha pertenecía al Condado de Niebla. En 1471, en recompensa por los servicios prestados, los Reyes Católicos conceden a Don Pedro de Zúñiga el título de Conde de Ayamonte, siendo su hijo Don Francisco de Zúñiga el primer Marqués de Ayamonte.La extensión aproximada de éste comprende las villas de Lepe, La Redondela, San Silvestre de Guzmán y Villablanca.

En el descubrimiento de América, los Ayamontinos juegan un importante papel. El descubridor Rodrigo de Jerez participó en el primer viaje de Colón a América, y en posteriores viajes hubo un importante número de capitanes y tripulantes de la localidad.

En el año 1664, el rey Felipe IV de España concedió el título de muy noble y muy leal ciudad a Ayamonte, debido tanto a su frontera con Portugal, como por su participación en el descubrimiento de América. Ayamonte se vio inmersa en el intento de segregación de Andalucía en reino independiente, siendo su marqués Don Silvestre Guzmán condenado a muerte por ello y ajusticiado en Segovia.

Durante los siglos XVI y XVII, Ayamonte se convirtió en uno de los núcleos urbanos más importantes de toda la costa de Huelva. El Marquesado se sigue manteniendo en la familia de los Guzmán, que mantienen el Castillo, hasta que en el terremoto de Lisboa en 1755, queda prácticamente derruido.

En la segunda mitad del siglo XIX, Ayamonte empieza su enriquecimiento cultural, económico y religioso, producido por un crecimiento demográfico que hace que en 1896 tenga una población de 8000 habitantes y una floreciente burguesía. Por estas fechas la escasez de productos de agrícolas y ganaderos, propició que los ayamontinos se echaran al mar, haciendo que la pesca se convirtiera en un importante motor de desarrollo para la zona.

Hacia 1920, comienza la gran industrialización en Ayamonte, sobre todo, en el sector conservero, así como un mayor aprovechamiento del sector agrícola y ganadero. Es tras la Guerra Civil, cuando se alcanza el mayor esplendor industrial denominándosele a Ayamonte como la 'América Chica'.

En la década de los 60, gira su actividad empresarial hacia la explotación turística construyéndose el Parador, Hoteles y 'descubriendo' Isla Canela.

Estos factores unidos a la explosión demográfica de los años 70 hicieron de Ayamonte una ciudad eminentemente comercial y empresarial.

Ayamonte cuenta al día de hoy con una Industria Conservera muy fuerte, tanto en el mercado nacional como en el internacional, además de numerosas empresas de ámbito nacional afincadas en este municipio, dando todo ello una visión muy dinámica desde el punto de vista comercial.

Respecto al sector turístico, contamos con una numerosa gama hotelera enfocada a un turismo de prestigio y exigente respecto a los servicios que se le prestan. Existe además, un campo de Golf con 18 hoyos que recorre un hermoso paisaje natural por esteros, eucaliptos, naranjos y palmeras.

En Punta del Moral, dentro del entorno de Isla Canela y a escasos kilómetros de Ayamonte, se encuentra el Puerto Deportivo que cuenta con más de 230 puntos de atraque para embarcaciones de hasta 12 metros, servicios en varadero y un Club Naútico (vela, remo, motonaútica, esquí naútico, submarinismo, pesca deportiva, regatas y cursos de navegación). También existe otro puerto deportivo en Ayamonte, enclavado cerca del centro de la ciudad y con características similares al anterior.